iPhone 6s/6s Plusで、バッテリーのパーセンテージ表示が更新されず、「まだバッテリーが残ってる」と思っていたのに、突然iPhoneが終了するという不具合が出ているという情報が、Appleのサポートサイト(英語)に出されています。
If your iPhone 6s or iPhone 6s Plus battery percentage doesn't update - Apple Support
時刻の設定を手動で変更した場合に、この現象が起きている可能性があるということで、対処法もアップされています。
対処法
iPhoneを再起動してから、設定アプリで、[一般]→[日付と時刻]→[自動設定]をオンにします。
ちなみに、バッテリーをパーセンテージ表示にするには、設定アプリの[バッテリー]→[バッテリー残量(%)]をオンにします。
ただ、私の場合は(iPhone 6s)、この設定をオンにしているにも関わらず、3回ほど、急にバッテリーが切れて、iPhoneが終了してしまったことがあり、必ずしもこれが原因ではないような気がします。
現在、詳しい原因については調査中とのことですので、早急に、確かな原因が分かることを望みます。